وی اظهارداشت: دانشگاه آزاد اسلامی از ابتدای فعالیتش با پسوند اسلامی كار خود را آغاز كرد اما به طور مطلوب به مسائل اخلاقی توجه نكرده است.
آیت الله صافی گلپایگانی با اشاره به تحصیل دختران دانشجو در خارج از شهرهای خود گفت: این موضوع یكی از دغدغه‌های اصلی خانواده‌ها است اما هیچ گونه توجهی به آن نمی‌شود و فساد را به همراه دارد.
این مرجع تقلید با بیان اینكه در دانشگاه‌های كشور با مشكلات و كاستی‌هایی روبرو هستیم، اظهار داشت: این مشكلات باید اصلاح شود و دانشگاه‌ها برای جامعه اسلامی فعالیت كنند.
وی ضمن تاكید مجدد بر مسئله اخلاق گفت: باید مسئولان دانشگاهی موضوع اخلاق را برطرف كنند و انسان‌هایی در دانشگاه‌ها تربیت كنند كه از نظر عقلی به رشد و بالندگی برسند و بتوانند در حل مشكلات جامعه نقش آفرینی كنند.
آیت الله صافی گلپایگانی در بخش پایانی سخنان خود به موضوع مختلط بودن فضاهای دانشگاهی اشاره كرد و گفت: این موضوع مناسب نسیت و باید رعایت شود.