داستان فرار به آفریقا از جایی آغاز می‌شود که فیلم قبلی به پایان رسید. الکس شیر، مارتی گورخر، ملمن زرافه و گلوریا اسب آبی حیوانات باغ وحش نیویورک هنگام بازگشت به باغ وحش از طبیعت وحشی آفریقا سر درمی‌آورند و آنجا الکس با خانواده خود رو به رو می‌شود. سال‌ها زندگی در باغ وحش باعث شده او برای برقراری ارتباط با خانواده مشکل داشته باشد.
ماداگاسکار: فرار به آفریقا که با بودجه‌ای 150 میلیون دلاری ساخته شد، نوامبر 2008 اکران شد و فروش جهانی آن تاکنون به 579 میلیون دلار رسیده است. دنباله ماداگاسکار با واکنش متفاوت منتقدان رو به رو شد و فیلم بر مبنای 137 نقد نوشته شده در وبسایت Rotten Tomatoes حدود 63 درصد آرای موافق منتقدان را به دست آورد.
این فیلم در وبسایت Metacritic نیز بر مبنای 24 نقد از 100 نقد نمره 61 را کسب کرد. ماداگاسکار: فرار به آفریقا در دو رشته نامزد دریافت جوایز انی بود و قرار است نوروز 88 از تلویزیون پخش شود.