فلور روده انسان دارای انواع گوناگون از باکتریها است. بسیاری از این باکتری‌ها برای گوارش بهینه خوراک مفیدند. دسته‌ای از این باکتریها که به باکتریهای پروبیوتیک شناخته میشوند، علاوه بر یاری به گوارش، مولکولهای پیچیده و ترکیباتی مانند ویتامینهای گوناگون را تولید می‌کنند که برای بدن سودمند می‌باشند. منبع باکتری‌های پروبیوتیک لبنیات و میوه‌ها هستند.اداره خوراک و کشاورزی سازمان ملل متحد (FAO)و سازمان بهداشت جهانی (WHO)پروبیوتیک را اینگونه تعریف می ‏‏کند : "پروبیوتیک ها میکرو ارگانیسم های زنده ای هستند که دریافت آنها در مقادیر کافی سبب نمایان شدن اثرات تندرستی در بدن میزبان می شود." بر این اساس، باکتری های پروبیوتیک موجود در خوراکها ، نه تنها باید دارای مشخصه های کاربردی و سودمند برای سلامتی انسان باشند بلکه از پایداری در دستگاه گوارش هم برخوردار باشند. این ویژگی ها شامل رشد و بقای ارگانیسم ها در روند تولید محصول و نگهداری حین جابجایی از معده به روده است. پروبیوتیک ها بر تعادل باکتری های سودمند و زیانبخش روده تاثیر می گذارد و این تعادل را به نفع افزایش جمعیت باکتری های سودمند تغییر می دهند، در حقیقت پروبیوتیک ها از همین راه اثرات سلامت بخش خود را در بدن انسان القا می کند. دوز پروبیوتیک مصرف شده عامل مهمی است که بر تراکم میکروارگانیسم های موجود در بخش های مختلف دستگاه گوارش تاثیر می گذارد. پروبیوتیک‏ها همچنین میتواند اختلالات میکروبیوتای روده، پس از درمان آنتی‏بیوتیکی را بازپروری کنند.